Archive for September, 2011

September 17, 2011

Pizza with mozzarella, aged sardinian pecorino, bacon, chestnut honey.

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September 15, 2011

« Beautiful things are either forbidden, or they are unhealthy, or they are immoral, or they are NP-complete! » ~ Nadia Pisanti

September 15, 2011

« I feel that the theoretical arsenal of pattern discovery and string processing algorithms is almost complete right now: what is really needed today are compelling applications. » ~ A.A.

September 9, 2011

September 8, 2011

« There are more things in heaven and earth, Horatio, than art dreamt of in your philosophy. » ~ Hamlet, Shakespeare.

September 7, 2011

« Il De Rerum Natura di Lucrezio e’ la prima grande opera di poesia in cui la conoscenza del mondo diventa dissoluzione della compattezza del mondo, percezione di cio’ che e’ infinitamente minuto e mobile e leggero. Lucrezio vuole scrivere il poema della materia ma ci avverte subito che la vera realta’ di questa materia e’ fatta di corpuscoli invisibili. E’ il poeta della concretezza fisica, vista nella sua sostanza permanente e immutabile, ma per prima cosa ci dice che il vuoto e’ altrettanto concreto che i corpi solidi. La piu’ grande preoccupazione di Lucrezio sembra quella di evitare che il peso della materia ci schiacci. Al momento di stabilire le rigorose leggi meccaniche che determinano ogni evento, egli sente il bisogno di permettere agli atomi delle deviazioni imprevedibili dalla linea retta, tali da garantire la liberta’ tanto alla materia quanto agli esseri umani. La poesia dell’invisibile, la poesia delle infinite potenzialita’ imprevedibili, cosi’ come la poesia del nulla nascono da un poeta che non ha dubbi sulla fisicita’ del mondo. Questa polverizzazione della realta’ s’estende anche agli aspetti visibili, ed e’ la’ che eccelle la qualita’ poetica di Lucrezio: i granelli di polvere che turbinano in un raggio di sole in una stanza buia; le minute conchiglie tutte simili e tutte diverse che l’onda mollemente spinge sulla bibula harena, sulla sabbia che s’imbeve; le ragnatele che ci avvolgono senza che noi ce ne accorgiamo mentre camminiamo. »
~ “Lezioni Americane”, Italo Calvino.

September 6, 2011

« [Metagenomics] represents a departure from reductionist studies that call for the analysis of individual organisms and their responses to limited types of stimuli. Instead, system level thinking requires that organisms be examined as integral members of the larger communities and of the environments to which they belong and that the functional properties of such communities be elucidated. »
~ “What’s in the mix: phylogenetic classification of metagenome sequence samples”. A.C. McHardy and I. Rigoutsos. Current Opinion in Microbiology 2007, 10:499–503.

September 5, 2011

« For this reason we should not be childishly disgusted at the examination of the less valuable animals. For in all natural things there is something marvelous. Even as Heraclitus is said to have spoken to those strangers who wished to meet him but stopped as they were approaching when they saw him warming himself at the oven—he bade them to enter without fear, ‘For there are gods here too’—so too one should approach research about each of the animals without disgust, since in every one there is something natural and good. »
~ “Posterior Analytics”, Aristotle.

September 1, 2011

The mathematics of uniqueness: a systematic study of the properties of events (e.g. subsequences of a string) that never repeat.

« Motifs appearing only once are not interesting » ~ “A basis for repeated motifs in pattern discovery and text mining”, N. Pisanti, M. Crochemore, R. Grossi, M.F. Sagot.

Pratt [1] allows to find all maximal motifs that cannot be made more specific without becoming unique events in the input string.
[1] Jonassen, Collins, Higgins. Finding flexible patterns in unaligned protein sequences. Protein Science, 4:1587-1595, 1995.

September 1, 2011