Archive for the 'Information' Category

September 1, 2011

The mathematics of uniqueness: a systematic study of the properties of events (e.g. subsequences of a string) that never repeat.

« Motifs appearing only once are not interesting » ~ “A basis for repeated motifs in pattern discovery and text mining”, N. Pisanti, M. Crochemore, R. Grossi, M.F. Sagot.

Pratt [1] allows to find all maximal motifs that cannot be made more specific without becoming unique events in the input string.
[1] Jonassen, Collins, Higgins. Finding flexible patterns in unaligned protein sequences. Protein Science, 4:1587-1595, 1995.

Advertisements

Forma, struttura, tessitura.

March 31, 2011

« I laboratori del Bauhaus e quello di tessitura in particolare, lavorano alla ricerca di una nuova estetica, in cui la bellezza e la qualità del prodotto coincidono col processo tecnico di costruzione e con la corrispondenza tra la forma e la sua funzione. »

« La storia della loro produzione [dei tessuti] è particolarmente interessante perché non segue un criterio evolutivo, dall’elementare al complesso: molti dei materiali, delle tecniche e delle forme in uso nell’antichità lo sono ancora oggi. »

« Allo stesso modo procede la stretta relazione tra abito-tessuto e l’uomo che lo indossa che, in particolare nel Medioevo, portava a identificare come reliquie non solo le particelle corporee del santo, ma anche i frammenti delle sue vesti, secondo un processo di assimilazione del tessuto alla persona e di incorporazione delle sue virtù. »

« Si può considerare come la tessitura consista soprattutto nel pensare in termini di struttura e questo rimandi implicitamente al concetto di costruzione. »

« Anche l’antropologo Jacques Bril attribuisce alle più diverse possibilità d’intreccio dei tessuti alcune importanti funzioni: quella di protezione (quasi un doppio della pelle che avvolge il corpo, lo ripara, lo protegge e che media tra la dimensione interiore dell’individuo e lo spazio esterno) e quelle di delimitazione e differenziazione dello spazio. »

« I collegamenti, di natura sia visiva sia metaforica, fra testo e tessuto sono tantissimi. […] A un primo livello, che definiamo come più esplicito, della relazione fra tessuti e linguaggio ritroviamo l’uso dei tessili come supporto alla parola scritta: ne sono un esempio i tiraz, le stoffe islamiche che recano tessute o ricamate sui bordi iscrizioni coraniche, il cui valore è al di là della mera decorazione. Ma basta anche ricordare come per secoli nella cultura occidentale intere generazioni di bambine abbiano appreso l’alfabeto e i primi rudimenti della scrittura ricamando su stoffa versetti biblici o precetti edificanti. Tuttavia, a un livello più profondo, è il tessuto stesso a costituirsi come testo significante, costruendo la propria narrazione attraverso l’articolazione dei materiali, delle trame, dei colori e delle immagini. »

« Régis Debray in un’intervista rilasciata nel 2005 al sito internet de “L’Express” riguardante la pubblicazione del Dictionnaire culturel du tissu, da lui scritto assieme a Patrice Hugues, sottolinea come: “Si dimentica che il testo viene dal tessuto, che questo esista prima ancora della scrittura, che il senso non passava per le parole ma attraverso i fili”. »

« Tutto ciò è ancora più esplicito se si analizzano i miti fondatori delle culture europee o degli altri continenti, dove quasi sempre l’origine mitica del linguaggio ha una stretta relazione con quella della tessitura. Le caratteristiche proprie del tessuto ne fanno il simbolo di una realtà che esiste solo come relazione compositiva delle parti, una metafora di tutti i processi generativi. Questo è chiaramente evidente nella mitologia dei Dogon, popolazione africana del Mali, dove si stabilisce un’esplicita corrispondenza fra tessuto e parola: al momento della creazione il Demiurgo consegnò all’uomo la sua parola rivelatrice, fondamento del linguaggio, attraverso la fibra tessile intrecciata che si dipanava dalla sua stessa bocca; aprendo e chiudendo la bocca la divinità compiva i movimenti del telaio, tessendo la fibra e la parola in una stessa unità. […] Secondo un’altra tradizione, invece, dopo la Creazione la Madre Terra giaceva ancora nuda e priva del linguaggio, allora il Demiurgo intessé per lei una veste di fibre e parole e con questa la rivestì. »

~ “La tessitura di Anni Albers”, Marianna Franzosi.

February 23, 2011

« Because natural selection operates on pre-existing living organisms, novelties will initially arise as add-ons to systems already in existence, almost guaranteeing some redundancy. Thus, man-made machines, which are generally intelligently designed, will differ from the logic machines found in life. Living machines are not intelligently designed and will often be redundant and overly complex. We should anticipate these differences and be prepared for the additional complexity to be found in the logic circuits that manage information in cells. Lessons will also be learned from the higher levels of biological organization seen in communities of individuals, in ecological systems and during evolutionary change. The principles and rules that underpin how information is managed may share similarities at these different levels even though their elements are completely different. Studies at higher system levels are thus likely to inform those at the simpler level of the cell and vice versa. » ~ P. Nurse, “Life, logic and information”, Nature 2008.

January 21, 2011

« What an organism feeds upon is negative entropy. Or, to put it less paradoxically, the essential thing in metabolism is that the organism succeeds in freeing itself from all the entropy it cannot help producing while alive. » ~ “What is life?”, Erwin Schroedinger.

January 21, 2011

« The great revelation of quantum theory was that features of discreteness were discovered in the Book of Nature, in a context in which anything other than continuity seemed to be absurd to the views held until then. » ~ “What is life?”, Erwin Schroedinger.

December 22, 2010

« The idea that it is efficient to assign the shortest codes to the most frequent signals was known long before Shannon defined its mathematical basis in 1948. With the invention of bookprinting in the 15th century typefounders directly made the empirical discovery that they needed more e’s than z’s in a font. » ~ “Philosophy of information, concepts and history”, Pieter Adriaans.

December 9, 2010

« A theory with mathematical beauty is more likely to be correct than an ugly one that fits some experimental data. » ~ Paul Dirac

Entropy

December 8, 2010

« My greatest concern was what to call it. I thought of calling it “information”, but the word was overly used, so I decided to call it “uncertainty”. When I discussed it with John von Neumann, he had a better idea. Von Neumann told me, “You should call it entropy, for two reasons. In the first place your uncertainty function has been used in statistical mechanics under that name, so it already has a name. In the second place, and more important, nobody knows what entropy really is, so in a debate you will always have the advantage. » ~ Claude Shannon, 1949.

Semantophoretic, episemantic, asemantic.

November 24, 2010

« Of all natural systems, living matter is the one which, in the face of great transformations, preserves inscribed in its organization the largest amount of its own past history. Using Hegel’s expression, we may say that there is no other system that is better aufgehoben (constantly abolished and simultaneously preserved). »

« One may classify molecules that occur in living matter into three categories, designated by new terms, according to the degree to which the specific information contained in an organism is reflected in them: (1) semantophoretic molecules or semantides — molecules that carry the information of the genes or a transcript thereof. The genes themselves are the primary semantides (linear “sense-carrying” units). Messenger -RNA molecules are secondary semantides. Polypeptides, at least most of them, are tertiary semantides. (2) Episemantic molecules — molecules that are synthesized under the control of tertiary semantides. All molecules built by enzymes in the absence of a template are in this class. They are called episemantic because, although they do not express extensively the information containe in the semantides, they are a product of this information. (3) Asemantic molecules — molecules that are not produced by the organism and therefore do not express, either directly or indirectly (except by their presence, to the extent that this presence reveals a specific mechanism of absorption), any of the information that this organism contains. »

~ “Molecules as documents of evolutionary history”. E. Zuckerkandl, L. Pauling. 1965.

La chimie est une science de l’information

July 28, 2010

« Evolution de la matière sous la pression de l’information. »
« Comment la matière devient-elle complexe? »
« Auto-organisation comme imperatif cosmique. Necessité. »
« De la fabrication à l’autofabrication: auto-organisation programmée. »
« La chimie est une science de l’information. »

~ Jean-Marie Lehn, conférence in Rennes, 28 Juin 2010.